Ministerstwo Finansów oraz Krajowa Administracja Skarbowa podsumowały dotychczasowe działania weryfikacyjne wobec podmiotów opodatkowanych ryczałtem od dochodów spółek. Oficjalne statystyki pokazują (per Dziennik Gazeta Prawna), że kontrole estońskiego CIT nie są już ryzykiem czysto teoretycznym, a urzędy koncentrują się na błędach popełnionych przy wejściu do systemu. Równolegle rząd skierował do Sejmu projekt nowelizacji UD116, który od 1 stycznia 2027 r. wprowadzi abolicję dla sprawozdań finansowych, ale definitywnie zlikwiduje możliwość wyboru ryczałtu w trakcie roku.

Statystyki KAS: dlaczego kontrole estońskiego CIT skupiają się na wejściu do systemu?

Odpowiedź Ministerstwa Finansów na interpelację poselską ujawnia skalę działań fiskusa. W okresie od października 2024 r. do końca czerwca 2025 r. Krajowa Administracja Skarbowa przeprowadziła 927 czynności sprawdzających dotyczących estońskiego CIT-u, z czego aż w 276 przypadkach wykryto nieprawidłowości. Kolejne 238 spraw było w toku. Równolegle wszczęto 38 kontroli celno-skarbowych (nieprawidłowości u 20 spółek) oraz 44 kontrole podatkowe (uchybienia w 25 z 31 zakończonych postępowań). Łączne uszczuplenia podatkowe oszacowano na blisko 20 mln zł.

Kluczowym punktem zapalnym okazały się warunki formalne przejścia na ryczałt w trakcie roku podatkowego, a w szczególności obowiązek sporządzenia sprawozdania finansowego. Resort finansów konsekwentnie podtrzymuje restrykcyjną linię: sprawozdanie uznaje się za sporządzone wyłącznie wtedy, gdy w ustawowym terminie podpiszą je wszystkie wymagane osoby, w tym kompletny zarząd. Brak podpisów w terminie skutkuje uznaniem wyboru estońskiego CIT za nieskuteczny, co oznacza wsteczny powrót do klasycznego CIT wraz z odsetkami od zaległości.

Projekt UD116 – abolicja dla sprawozdań a kontrole estońskiego CIT

W odpowiedzi na narastające spory, Rada Ministrów 22 września 2026 r. przyjęła projekt nowelizacji ustaw o podatkach dochodowych (druk UD116, skierowany do prac sejmowych 24 września 2026 r.). Projektodawca przewidział mechanizm abolicyjny dla podatników, którzy wybrali estoński CIT w trakcie roku, ale uchybili wymogom sporządzenia sprawozdania finansowego.

Zgodnie z projektem spółki te nie utracą prawa do ryczałtu, o ile sporządzą prawidłowe sprawozdanie i przekażą je elektronicznie Szefowi KAS do 31 stycznia 2027 r. Podatnicy, u których wybór ryczałtu zakwestionowano wyłącznie z tego powodu, zyskają uprawnienie do złożenia korekt deklaracji oraz wniosków o wznowienie postępowań. Należy jednak zaznaczyć, że abolicja dotyczy wyłącznie uchybień formalno-sprawozdawczych – nie sanuje ona niespełnienia materialnych przesłanek stosowania ryczałtu, takich jak poziom zatrudnienia czy limity przychodów pasywnych.

Ukryte zyski i koniec przechodzenia na ryczałt w trakcie roku od 2027

Nowelizacja w projekcie UD116 wprowadza szereg systemowych zmian w ustawie o CIT, które wejdą w życie 1 stycznia 2027 r.:

• Likwidacja wejścia w trakcie roku: Uchylenie art. 28j ust. 5 ustawy o CIT oznacza, że przejście na ryczałt będzie możliwe wyłącznie od początku nowego roku podatkowego. Ograniczy to spory o sprawozdania śródroczne, ale zamknie elastyczność wdrożenia w dogodnym dla spółki momencie.
• Uszczelnienie ukrytych zysków (art. 28m ust. 3): Świadczenia na rzecz wspólników będą podlegać opodatkowaniu bez względu na historyczne źródło ich finansowania. Przekreśla to korzystną linię sądów administracyjnych (m.in. WSA w Łodzi i WSA w Krakowie z 2025 r.), które wyłączały z opodatkowania świadczenia pokryte z zysków wypracowanych przed wejściem w ryczałt.
• Wycofanie się z penalizacji najmu: W toku konsultacji resort zrezygnował z automatycznego uznawania umów najmu majątku prywatnego (np. lokali czy samochodów wspólnika) za ukryte zyski. Umowy rynkowe z uzasadnieniem gospodarczym pozostają w dotychczasowym reżimie.
• Ustawowa definicja wydatków niezwiązanych z działalnością: Art. 28m ust. 3a wprost zdefiniuje te wydatki jako koszty bez związku z przychodami oraz włączy do nich wszelkie opłaty sankcyjne, mandaty, grzywny i odsetki za zwłokę.
• Wypłata zysków po wyjściu z systemu: Wprowadzone zostanie domniemanie, że wypłata środków po rezygnacji z ryczałtu pochodzi z zysków z okresu estońskiego CIT, chyba że treść uchwały o podziale wyniku finansowego wskazuje inaczej.
• Elastyczny warunek zatrudnienia: Spółki uzyskają możliwość łącznego uwzględniania wynagrodzeń z umów o pracę oraz umów cywilnoprawnych przy badaniu minimalnego progu wydatków na płace.

Jak przygotować spółkę przed końcem roku podatkowego? (kontrole estońskiego CIT)

Ostatni kwartał 2026 r. to dla zarządów spółek na ryczałcie czas na obowiązkowy audyt dokumentacji. W pierwszej kolejności należy zweryfikować historię przejścia na CIT estoński – spółki, które dokonały tego w trakcie roku i zidentyfikują braki w podpisach pod sprawozdaniem, powinny przygotować się do skorzystania z procedury abolicyjnej przed 31 stycznia 2027 r.

Równocześnie konieczna jest rewizja bieżących transakcji z podmiotami powiązanymi pod kątem ukrytych zysków oraz weryfikacja uchwał wspólników dotyczących podziału historycznych zysków. Przedsiębiorcy planujący przejście na CIT estoński muszą natomiast sfinalizować analizy przed 1 stycznia 2027 r., ponieważ od nowego roku możliwość wdrożenia ryczałtu w trakcie trwania roku obrotowego zostanie bezpowrotnie zamknięta.

Oczywiście pozostaje pytanie czy Prezydent Karol Nawrocki podpisze tę ustawę. Warto bowiem przypomnnieć, że ustawy podatkowe które wprowadzają istotne zmiany powinny być uchwalane 30 dni przed ich wejściem w życie. Oznacza to, że na uchwalenie pozostało niewiele czasu. Inna sprawa, że ilość proponowanych zmian podatkowych które mają obowiązywać od 1 stycznia 2027 r. jest zdecydowanie przytłaczająca. O większości z tych zmian informujemy na bieżąco – i zdecydowanie jest o czym informować 😉